1．使用來自篩選出的噬菌粒克隆的模版DNA，以及包含與AP融合表達載體的克隆位點相對應的限制性酶切位點的寡核苷酸引物，進行PCR反應。
2．通過瓊脂糖凝膠電泳檢測正確大小的擴增產物。選擇相應方法對PCR產物進行純化。
3．用對應于克隆位點的限制性內切酶消化PCR產物，使用標準的方法將此產物連接到相同酶切后的AP融合蛋白表達載體中。
4，通過標準的方法將連接產物轉化入大腸桿菌中，鋪到含100ug/ml氨芐青霉素的LB平板上。挑取單克隆，利用標準的方法（如限制性酶切或PCR）鑒定是否有插入序列。
5，在LB+100ug/m1氨芐青霉素培養基中，過夜培養少量（約5m1）的陽性克隆菌液。以l/100接種于適合所用誘導系統的表達培養基中。
6．用適合所用的誘導系統的方法培養細胞并誘導表達。7500g離心收集細胞，并棄去上清液。將細胞沉淀在一20℃冷凍超過4小時，或在酒精/干冰混合物上冷凍10分鐘。
7．輕輕地將細胞重懸于TE+PMSF緩沖液中以釋放胞質蛋白。 離心（7500g）沉淀細胞并收集上清液。
8．用一個因所用標簽而異的方法進一步純化融合蛋白。這將使融合蛋白的定量變得更容 易，并能除去可能影響酶解檢測的雜質蛋白。但是，如果AP融合蛋白的表達水平較 高，也可以直接使用胞質裂解原液，因為檢測中已含有一個有效的親和性純化步驟。9．用SDS—PAGE分析胞質蛋白和一系列濃度的基準純化AP。用凝膠光密度測量法（gel densitometry）將樣品中的AP融合蛋白水平定量。

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